Vi löste problemen genom att konvertera dem till SQL Server databaser men jag förstår att det inte är möjligt för er.
Nu var det några år sedan och då använde vi IIS6 och Access XP och Access 2003, så saker kan ha hänt. IIS7 är ju helt omskriven så det är möjligt att det fungerar bättre. Men då vi inte har kvar några Accessdatabaser så vet jag inte ...
Ska ju också nämna att överlag fungerade det, det vara bara ibland de låste sig. Dock var det ofta nog för att vi skulle ta bort dem.
En enkel lösning är att göra webbapplikationen till en en-användarapplikation, dvs bara tillåta en session i taget och se till att när sessionen där avsluta alla kopplingar till databasen (i både ASP och ASP .NET är det enkelt). Men samma här, det kanske inte är ett alternativ (det tar ju bort lite av nyttan med en webbapplikation).
Ska man göra det mer avancerat så är ju givetvis en möjlighet att använda en annan databas (tex SQL Server) för själva webbapplikationen och sedan synka data mellan dem. Min erfarenhet säger dock att det är väldigt svårt att få det bra.
Det verkar ju som du är "fast" med att använda Access. Mitt råd är, utveckla applikationen och testa. Det är inte säkert att det är ett problem för er.