Jag kanske ska ta mig tiden och förklara hur det hela fungerar från början...
När du installerar ett program från ett installations-paket av typen .pkg eller .mpkg så sparas en del av paketet i /Library/Receipts som ett "kvitto". Observera att långt ifrån alla program använder den här installations-metoden; dock gör Apples vanliga "installerare" det.
I "kvittot" ingår bl a en fil som innehåller information om vilka behörighter diverse filer och mappar som används av programmet ska ha. När du kör "Reparera skivbehörigheter" kommer skivverktyg gå igenom alla kvittona och ändra eventuella behörigheter som skiljer sig.
Så beroende på hur de program du installerar hädanefter installerar sig själva, så skapar de nya kvitton som skivverktyg kommer att kunna använda. Tyvärr blir det nog till att installera om OS-X och andra program om det skulle uppstå något allvarligare problem med kvittona du blivit av med (alternativt att du hittar någon med samma versioner och kopierar dennes kvitton).